Putem considera că primii coloniști ai Lagunelor Ruidera datează din perioada paleoliticului inferior. În restul preistoriei, există și dovezi ale așezării în împrejurimile Ruidera.

Deși este în epoca bronzului, când rămășițe vizibile, motilele și murele apar, împrăștiate în întregul Guadiana.

Din epoca romană există, de asemenea, un număr mare de site-uri, vile, case izolate, evidențiind un drum roman care circula longitudinal prin lagune.

Castelele din Peñarroya și RochaFrida sunt de origine arabă (secolele X-XII).

Între 1213 și 1217 Ruidera trece în mâinile creștine, iar ordinele militare din San Juan și Santiago administrează teritoriul lagunelor.

Este în secolul al XVII-lea în timpul domniei lui Carlos al III-lea când zona cunoaște un boom important. Există încă câteva clădiri în picioare, cum ar fi casa administratorului fabricii de praf de pușcă și canalul Grand Prior, printre altele.

La 13 iulie 1979, Ruidera este declarată Parc natural.