Possiamo considerare che i primi coloni delle lagune di Ruidera risalgono al periodo del Paleolitico inferiore. Durante il resto della preistoria, ci sono anche prove dell'insediamento nei dintorni di Ruidera.

Anche se è nell'età del bronzo, quando rimangono resti visibili, compaiono motillas e more sparse in tutto l'Alto Guadiana.

Di epoca romana ci sono anche un gran numero di siti, ville, case isolate, che evidenziano una strada romana che correva longitudinalmente attraverso le lagune.

I castelli di Peñarroya e RochaFrida sono di origine araba (X-XII secolo).

Tra il 1213 e il 1217 Ruidera passa nelle mani dei cristiani e gli ordini militari di San Juan e Santiago amministrano il territorio delle lagune.

È nel diciassettesimo secolo durante il regno di Carlo III quando la zona subisce un boom importante. Ci sono ancora alcuni edifici in piedi, come la casa dell'amministratore della fabbrica di polvere da sparo e il canale del Grand Priore, tra gli altri.

Il 13 luglio 1979, Ruidera viene dichiarato Parco Naturale.